D’après l’association Le Pic Vert, qui a peu développé cet aspect, des habitats naturels patrimoniaux (rares et/ou inscrits à la directive « Habitat ») sont probablement présents au sein des zones humides recensées sur la commune de Saint-Cassien :
- roselières et bois marécageux d’aulne et de frêne des marais des Portières et de Charauze ainsi que dans le secteur Sud de la Ruche,
- étendues d’eaux calmes et calcaires de l’étang du Mas de l’Etang,
- forêt alluviale résiduelle de l’Olon,
- prairie humide à orchidées à l’aval du marais de Charauze, prairie humide à orchidées et à Sanguisorbe des Gayères, et du Marais des sources,
- tufières et sources calcaires dans les secteurs du chemin des Sources, du Haut Saint-Cassien, ainsi qu’à l’ouest des Martelières (nord du plateau du Bessey).
D’autres habitats patrimoniaux liés aux prairies sèches sont également probablement présents sur la commune au niveau des coteaux secs du Bessey et de Charauze (prairies sèches à orchidées).
Enfin, le paysage agricole traditionnel de Saint Cassien, constitué de prés de fauche, de pâtures, de vergers (noyers, fruitiers, vignes), d’arbres remarquables (saules « têtards » et châtaigniers pluri-centenaires) et de haies de haut jet, est à lui seul un habitat naturel remarquable qu’il convient de préserver.
